أسست وحدة الأنظمة عام 1423 هـ الموافق 2003م، لمكننة وأتمتة الأعمال الإدارية والمالية وتأمين وسد احتياجات رئاسة الجامعة ودوائرها الإدارية ، ومكتبتها المركزية ، وأقسامها العلمية والهندسية ، ودوائر ومؤسسات الدولة والقطاع الخاص من التطبيقات البرمجية ، فضلاً عن تدريب الملاكات والعاملين في مختلف جوانب هذه التطبيقات وتقانة المعلومات والاتصالات . إن هذه التطبيقات هي أحد أهم مؤشرات التنمية الاقتصادية والاجتماعية لأي بلد من بلدان العالم المختلفة لتأمين رقيها وتقدمها . إن احتواء مركز الحاسبة على هذه الوحدة المهمة والمختصة بالصناعات البرمجية وتقانة المعلومات والاتصالات لتكون مركزاً للتميز والجودة ، ولتحتل مكانها وتمارس نشاطها وحدة فنية من وحدات مركز الحاسبة.

     لقد تم إعادة هيكلة هذه الوحدة ونشاطها في نهاية عام 2004 ، وتأمين احتياجاتها الأساسية من ملاكات جيدة تم اختيارها بعناية ، وحاسبات ربطت بالشبكة الداخلية للمركز ، ثم التوسع بهذه التجربة في ضوء نتائجها المتحققة.
    إن خدمات هذه الوحدة تهدف إلى مساندة الإدارات العليا في تنفيذ وظائفها الإدارية ( التخطيط ، والتنظيم ، والتوجيه , والرقابة ) وعمليات اتخاذ القرارات وكما يلي :

تطوير نظم المعلومات الإدارية والمالية في الجامعة لزيادة مستوى الأداء وتحسينه وتخفيض التكاليف وتحسين جودة ودقة وسرعة العمل. إن نظم المعلومات وبفضل التطورات الحديثة في تكنولوجيا المعلومات ، أصبحت ضرورة كبيرة لتمكن الجامعات من البقاء والاستمرار بنجاحها وتحقيق أهدافها.

استخدام وتوظيف نظم المعلومات الإدارية والمالية والتي تعمل على :
تغيير الهيكل التنظيمي للمهام والوظائف الإدارية للجامعات والمؤسسات التعليمية.
الحصول على اكبر قدر من المعلومات اللازمة لأهمية دورها في اتخاذ القرارات.
    لذا فان السياسات والإجراءات في الجامعات يمكن أن تتأثر إلى حد كبير نتيجة لتطوير نظم المعلومات وبنائها بالشكل الذي يدعم قراراتها وسياساتها ومصالحها.
الإدارة الجيدة للبيانات والتي تتضمن دقة واكتمال وموثوقية البيانات وبالتالي المعلومات الناتجة عن معالجة هذه البيانات ، ولأهمية إدارة قواعد البيانات في نظم المعلومات والميزات التي توفرها ، وطرق إدارة البيانات وبرمجيات نظم إدارة قواعد البيانات ، التي تعدُّ من الموضوعات المهمة لإدارة مركز الحاسبة ووحدة الأنظمة ، وللأسباب الآتية:

تزايد حجم المعلومات المطلوب تخزينها واسترجاعها ومعالجتها في الجامعة ، مما يتطلب طرقاً وأساليب أكثر تطوراً وحداثة للتعامل معها.
تزايد الاهتمام بالبيانات وعدّها مورداً قيماً من موارد الجامعة ، مما يتطلب العمل على إدارة هذا المورد بطريقة فعالة.
تزايد الحاجة في الجامعات والمؤسسات التعليمية إلى البيانات الدقيقة وذات الموثوقية العالية لاستخدامها في التخطيط والرقابة واتخاذ القرارات.

تطوير البنية التحتية اللازمة لدعم نظم المعلومات إذ يتم إنشاء نظم المعلومات استناداً إلى هذه البنية التحتية، وتتألف البنية التحتية من مكونين أساسيين "قاعدة البيانات وشبكة الاتصالات " ، في قواعد البيانات يتم وصف تخزين البيانات والمستخدمة بشكل مشترك في جميع التطبيقات مفيدة وصحية وموثوقة ، كذلك وصف هيكل البيانات بأستخدام تصميم نماذج خاصة لادخال نماذج البيانات. أما شبكات الاتصالات فهي تحدد قنوات نقل البيانات بين مختلف المواقع في مركز الحاسبة ، فلذلك يجب أن تبقى بحيث تحقق ربط المواقع المهمة "إدارة مركز الحاسبة ووحداته الفنية " مع بعضها البعض.

حماية قواعد البيانات ونظم المعلومات من الإخطار (المقصودة وغير المقصودة) التي تؤدي إلى عمليات غير مسموح بها مثل " تعديل أو حذف أو اتلاف البيانات أو البرامج " . كما تهتم بالمحافظة على حسن أداء الحاسبات وملحقاتها وصيانتها بشكل دائم ومستمر لتقديم الخدمات المطلوبة بشكل جيد. إن أهمية إجراءات الحماية والأمن تزداد مع تزايد اعتماد الجامعات على استخدام نظم المعلومات في تنفيذ عملياتها الإدارية والمالية ، مما يجعل هذه الإجراءات من أهم وظائف إدارة نظم المعلومات في الجامعات.   

    وبشكل عام فأن نظم المعلومات المصممة تساعد الإدارات العليا من خلال ما تقدمه من معلومات مهمة يمكن الإفادة منها في اتخاذ القرارات الصائبة . ويمكن تحديد فوائد استخدام نظم المعلومات بما يلي :
 مساعدة الإدارة في التعرف على المشاكل والتنبؤ واكتشافها بصورة مبكرة ، والاستجابة والتخطيط لهذه الأحداث المهمة وتجاوزها بسرعة .
توفير أمكانية دراسة ومعالجة المشاكل المعقدة والكبيرة ، وهذا كله يوفر للإدارة العليا أدوات وأساليب علمية يمكن من خلالها تسهيل معالجتها .
 المساعدة في اتخاذ القرارات وإنجاز المهام الإدارية المختلفة ، إذ توفر نظم المعلومات مكانات كبيرة يمكن أن تساعد الإدارة في تخطيط المشاريع وجدولة العمليات المختلفة وحساب التكاليف وضبط المخزون وتقويم الأداء وتوصيل المعلومات إلى الجهات ذات العلاقة والكثير من المهمات الإدارية والمالية الأخرى .